细胞因子释放综合征(CRS)和神经毒性，是CAR-T细胞疗法的主要毒性副作用，其范围从轻微到危及生命，风险与疾病负担相关。这些毒性的评估和分级在临床试验和各机构之间差异很大，因此难以比较不同产品的安全性，并且难以制定管理这些毒性的最佳策略。此外，这些分级系统可能难以跨中心实施。
累积经验促进了标准化的临床指南，以增强CAR-T细胞的安全性。例如，为了协调CRS和神经毒性的定义和分级系统，该领域的专家于2018年6月20日和21日在美国血液和骨髓移植协会(ASBMT)支持的会议达成共识建议，并提出客观、易于应用的CRS和神经毒性的新定义和分级，并最终更准确地分类这些毒性的严重程度。
目前，细胞因子释放综合征治疗使用托珠单抗(Tocilizumab)，这是一种针对IL-6受体的人源化单克隆抗体，2017年8月被FDA批准用于CAR-T诱导的严重或危及生命的CRS。在大多数患者中施用托珠单抗后，已证实CRS的快速消退。在临床转化早期，尚不清楚中止CRS是否会同时破坏CAR-T细胞功效，因此这种干预通常会延迟到后期毒性阶段。研究表明，管理毒性的托珠单抗或类固醇不是影响临床反应率的独立变量，并且这些药物用于治疗CAR-T细胞相关毒性的用途已经放开。
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